謎の神獣・ヒウリが持つ不思議な力を手に入れ、最強の忍術を会得するため、ゲン、葉月たち少年少女忍者は、大頭の指令でヒウリ捕獲の旅に出た。しかしヒウリを狙うのは丙賀一族だけでなく、他の忍者一族たちも同じことを考えていた。ライバルと戦いながらヒウリを追うゲンたち。ある日、ゲンは森の中で翼に怪我を負ったヒウリの子供を発見する。すぐさま捕獲し、子ヒウリをオトリに親ヒウリを呼び寄せる作戦に出る。だが、子ヒウリの怪我の手当てや世話をしたせいで、すっかり子ヒウリになつかれたゲンは、情が移ってしまいオトリ作戦をやめると言い出す。目的のためなら手段を選ばないのが忍者だ…冷酷に告げる姫丸に対しゲンは猛反発…。一方、ゲンたちが子ヒウリを捕獲したことを知った神魔たちは、密かに子ヒウリを奪おうと企てていた。そして、ゲンと姫丸が内輪モメしている間に、神魔の奇襲が！！伝説の神獣・ヒウリを追い、その力を手に入れようとする忍者たちの戦いを描いた壮大なシリーズ冒険活劇、《小源太編》第２巻（シリーズ全８巻）！